Препараты цветов василька применяют как мочегонное, при отеках сердечного и почечного происхождения, нефритах, циститах, уретритах и как легкое желчегонное при хронических заболеваниях печени и желчевыводящих путей. Краевые цветки входят в состав мочегонного сбора.
В народной медицине василек популярен с глубокой древности. Водный настой цветков рекомендовали при болезнях почек и мочевого пузыря, малярии, отеках, примочки — при слезоточении и конъюнктивитах, измельченные свежие листья прикладывали к ранам для ускорения их заживления.
В болгарской народной медицине водный настой используют как тонизирующее желудочное средство и горечь, возбуждающую аппетит.